瀬戸臨海実験所は紀伊半島南西岸に位置し、世界で最も海洋生物の種多様性の高い地域であるCoral Triangle に源を発する黒潮の影響で、海洋生物の種多様性が高く、こうした立地を生かして、海産無脊椎動物の形態および分子レベルの分類・系統学、生物地理学、系統地理学、生態学、動物行動学などの自然史分野の研究を行っています。研究実習船として２隻の船舶を所有し、浅海域の生物、プランクトンの採集調査や教育のために使用しています。田辺湾の自然豊かな無人島の畠島実験地を有しており、研究、教育のフィールドとして活用しています。文部科学省の教育拠点に認定され全国の大学生、大学院生が施設を活用しています。併設している京都大学白浜水族館は、紀伊半島に生息する約500種の海洋生物を生体展示し、特に海産無脊椎動物の展示では日本で有数の水族館であり、さまざまな教育と研究に活用されています。