植物から動物・微生物を含め、それらの種内・種間関係から生態系、地球環境まで取り扱っています。具体的な研究内容は以下の通りです。

1. 野外に生育する樹木や実験系で育てた苗木を用い、生態学的なプロセスを、器官や個体レベルの生理生態学的な特性から解明していく研究（石田）

2. 植物のフェノロジー・繁殖生態・表現型可塑性・局所適応を分子生物学的手法により解明する研究（工藤）

3. 生物の進化的な側面を踏まえながら、個体群・生物群集の動態や諸性質を理論的な手法により解明する研究（山内）

4. 生物間相互作用の多様性とその維持機構について、次世代シーケンサーをはじめとする分子手法を用いて明らかにする研究（本庄）

5. 植物ー植物、植物ー動物間などの多様な生物間相互作用を対象とした、生物の進化パターンや生態系における機能を実験的に探る研究（山尾）

6. 野生植物の示す多様な形態（特に葉の形状）について、主に生物間相互作用の観点から、自然界における機能や進化過程を探る研究（樋口）