植物から動物・微生物を含め、それらの種内・種間関係から生態系、地球環境まで取り扱っています。具体的な研究内容は以下の通りです。

1. 野外に生育する樹木や実験系で育てた苗木を用い、生態学的なプロセスを、器官や個体レベルの生理生態学的な特性から解明していく研究（石田）
2. 植物のフェノロジー・繁殖生態・表現型可塑性・局所適応を分子生物学的手法により解明する研究（工藤）

3. 生物多様性の創出・維持について、植物の繁殖やそれに関わる動物や微生物との相互作用から明らかにする研究（酒井）

4. 昆虫–植物間、植物–植物間、昆虫–昆虫間の相互作用を化学生態学的手法で解明する研究（高林）
5. 生物の進化的な側面を踏まえながら、個体群・生物群集の動態や諸性質を理論的な手法により解明する研究（山内）

6. 生物間相互作用の多様性とその維持機構について、次世代シーケンサーをはじめとする分子手法を用いて明らかにする研究（本庄）