森林や草原、湖沼や河川といった地球の代表的な生態系を舞台に、動物、植物、菌類、微生物など多様な生物が生み出す生態学的現象の研究を行っています。具体的な研究内容は以下の通りです。

１）湖沼等の水圏環境におけるプランクトン（細菌、原生生物、微細藻類等）や底生動物をめぐる食物網動態の研究（中野）

２）さまざまな生物と環境の相互作用について特に安定同位体手法を用いて明らかにする研究（木庭）

３）昆虫・植物・菌類など、多様な生物が織りなす相互作用のネットワークについて、野外生態学・分子生物学・インフォマティクスを融合した新領域の開拓（東樹）

４）理論的な思考と数理モデルを主体とした、地球上の多様な生態現象、持続可能な流域管理のしくみに関する研究（谷内）

５）森林－河川－海洋のつながりによる生物多様性・生態系機能の維持創出に関する研究。（主な対象生物：ハリガネムシ・サケ科魚類・両側回遊魚類）（佐藤）